CORAL-AI PANGEA redujo 500.000 compuestos y halló una combinación con CMI de 8,03 µg/mL

Resumen ejecutivo

De 500.000 compuestos a una combinación priorizada

ISR-BIO aplicó CORAL-AI PANGEA para definir un target —mantenido anónimo en este caso— y cribar 500.000 compuestos naturales. En dos semanas priorizó 14 candidatos y propuso estudiar la combinación de los Candidatos A y B. La validación frente al aislado PS011 confirmó candidatos bactericidas y bacteriostáticos: la Combinación A + B alcanzó CMI de 8,03 µg/mL y el ajuste 4PL la situó como la respuesta de menor concentración (IC50 de 2,19 µg/mL; IC80 de 4,16 µg/mL), con R² superior a 0,99 en los cinco perfiles ajustados.

Modalidad

Screening virtual con CORAL-AI PANGEA más validación in vitro

Biblioteca

500.000 compuestos naturales

Modelo de validación

P. salmonis PS011, agente causal de la piscirickettsiosis

Métrica primaria

CMI a 80 % de inhibición y CMB por resiembra

Configuración

Diluciones seriadas 1:2, cinco réplicas, siete días, lectura DO620

Resultado clave

14 candidatos priorizados; la Combinación A + B redujo la IC50 un 36,8 % frente al candidato individual

01 · Contexto

Por qué cribar medio millón de compuestos antes de entrar al laboratorio

La búsqueda no comenzó en una placa de cultivo. CORAL-AI PANGEA recorrió una diversidad química que habría sido impracticable evaluar íntegramente en el laboratorio y priorizó las moléculas con mayor probabilidad de inhibición que, además, podían incorporarse como aditivos funcionales de precisión. Dos semanas después, el universo de búsqueda se había reducido al 0,0028 % de la biblioteca original.

La validación experimental distinguió dos preguntas diferentes. La CMI responde si un candidato inhibe al menos el 80 % del crecimiento; la CMB, evaluada por resiembra tras retirar el tratamiento, distingue una respuesta bacteriostática de una acción bactericida. Las curvas dosis-respuesta ajustadas con un modelo logístico de cuatro parámetros (4PL) generaron IC50 e IC80 interpoladas que complementan, pero no sustituyen, las CMI observadas.

02 · Desafío

Comparar candidatos con ventanas experimentales diferentes

Los candidatos presentaron solubilidades máximas entre 45 y 500 µg/mL en IFOP-PsM11. Por ello, una ausencia de CMI podía significar falta de actividad, pero también que el candidato no alcanzó una concentración suficientemente alta en medio acuoso.

En la combinación se observó precipitado por encima de 129 µg/mL y esos puntos se excluyeron del análisis. El desafío fue identificar señales reproducibles sin extrapolar más allá del rango medido.

03 · Enfoque

De la inhibición observada al perfil dosis-respuesta

El aislado PS011 se cultivó hasta fase exponencial, se ajustó a 0,5 McFarland y se expuso durante siete días a diluciones seriadas 1:2 en placas de 96 pocillos, con incubación a 18 °C y 120 rpm. El crecimiento se cuantificó por DO620, con cinco réplicas por condición, y las diferencias frente al control se analizaron mediante ANOVA de una vía, con p < 0,05.

Los cultivos sin crecimiento aparente se resembraron con 3 µL en agar AUSTRAL TS-Hem para establecer la CMB. Después, cinco curvas de candidatos se ajustaron con el modelo 4PL, excluyendo los puntos con precipitado.

04 · Resultados

La combinación concentró la señal inhibitoria más potente

En la primera campaña, dos candidatos alcanzaron CMI de 62,5 y 31,25 µg/mL, respectivamente, y ambos presentaron CMB de 125 µg/mL. En la segunda, un tercer candidato mostró un perfil bactericida, con CMI de 62,5 µg/mL y CMB de 125 µg/mL. Otros dos candidatos fueron bacteriostáticos, con CMI de 10,4 y 500 µg/mL.

El ajuste 4PL situó a la Combinación A + B como la respuesta de menor concentración, seguida por el Candidato A. Ninguna interpolación sustituye a la CMI observada, pero la dirección fue consistente: la combinación ocupó el primer lugar en CMI, IC50 e IC80, y todos los ajustes alcanzaron R² > 0,99 sobre crecimiento observado.

Evidencia visual. La potencia separa dos grupos de respuesta. Curvas concentración-respuesta · Perfiles de mayor potencia. Ajuste Hill 4PL · 0–20 µg/mL. Combinación de Candidatos A + B · Candidato A. La Combinación A + B y el Candidato A alcanzan IC50 e IC80 a concentraciones menores.

Curvas concentración-respuesta · Perfiles de menor potencia. Ajuste Hill 4PL · 0–100 µg/mL. Candidato C · Candidato D · Candidato E. Los Candidatos C, D y E requieren concentraciones mayores para desplazar el crecimiento.

Puntos: mediciones experimentales normalizadas al control sin tratamiento. Líneas: ajuste Hill 4PL. Las líneas horizontales marcan 50 % y 20 % de crecimiento relativo, equivalentes a los umbrales IC50 e IC80.

IC50 e IC80 por candidato. IC50: 2,19 · 3,46 · 17,41 · 42,17 · 43,51 µg/mL. IC80: 4,16 · 6,18 · 19,86 · 59,29 · 54,03 µg/mL. Menores valores indican mayor potencia inhibitoria. La comparación prioriza perfiles por concentración efectiva, no por identidad química.

Efecto de combinación · Candidato A → Combinación A + B. IC50: 3,46 → 2,19 µg/mL (−36,8 %). IC80: 6,18 → 4,16 µg/mL (−32,6 %). 1,58× potencia relativa calculada a partir de IC50.

Qué significa sinergia en estos datos. El desplazamiento demuestra potenciación de la formulación combinada frente al candidato individual evaluado. Es una señal compatible con sinergia, pero una demostración farmacológica formal requiere medir por separado todos los componentes y aplicar un diseño de combinación, por ejemplo Loewe, Bliss o un índice de concentración inhibitoria fraccional.

Valores IC50 e IC80 en µg/mL, interpolados mediante 4PL. No deben leerse como CMI o CMB observadas ni como evidencia de actividad in vivo.

05 · Candidatos destacados

Los perfiles funcionales que ordenaron el panel

El cribado separó a los 14 candidatos en tres grupos: candidatos sin CMI dentro del rango soluble, candidatos bacteriostáticos y candidatos bactericidas confirmados por resiembra. El primer grupo no equivale a inactividad: en varios casos la solubilidad máxima impidió alcanzar concentraciones conclusivas.

Entre los perfiles con señal, el Candidato A fue el individual de mayor potencia en el ajuste 4PL (IC50 de 3,46 µg/mL) y la Combinación A + B desplazó ambos umbrales hacia concentraciones inferiores con ajuste robusto (R² = 0,997). El perfil bactericida confirmado —CMI de 62,5 µg/mL y CMB de 125 µg/mL— demuestra que el panel contiene tanto candidatos de acción letal como candidatos de contención, dos utilidades experimentales distintas.

06 · Qué significa

Un panel amplio reducido a candidatos priorizables

El cribado permite priorizar por perfil funcional y no sólo por una disminución puntual de densidad óptica: potencia (IC50/IC80), ventana de solubilidad y tipo de acción (bactericida frente a bacteriostática) son criterios separados y medibles.

La señal de sinergia de la Combinación A + B justifica estudiarla con mayor resolución. Los siguientes pasos son confirmar con réplicas biológicas independientes, cuantificar formalmente la interacción entre A y B y evaluar seguridad en células de salmón. Estos datos demuestran actividad in vitro; no establecen eficacia terapéutica ni una dosis para peces.

07 · Limitaciones

Alcance experimental

Los ensayos utilizaron un único aislado (PS011); la actividad frente a otros aislados de P. salmonis no está establecida. Las ventanas de solubilidad difirieron entre candidatos (45–500 µg/mL), por lo que una ausencia de CMI no distingue inactividad de exposición insuficiente. La combinación precipitó por encima de 129 µg/mL y no se extrapoló más allá del rango medido.

Las IC50 e IC80 son interpolaciones 4PL, no CMI ni CMB observadas. La sinergia es una señal compatible, no una demostración formal: requiere medir ambos componentes por separado bajo un diseño de combinación (Loewe, Bliss o FIC). La actividad demostrada es in vitro; la eficacia in vivo y la dosis en peces quedan fuera del alcance de este estudio.

Fuentes: informes bacteriológicos N° 08/2026 y N° 009/2026; datos y salidas analíticas de ISRBIO_01_SRS-DATA.